La sua fama di teorico gli portò un buon numero di alunni, alcuni dei quali divennero in seguito eminenti musicisti. Fra questi Ludwig van Beethoven e Wolfgang Mozart. Beethoven era arrivato a Vienna nel 1792 per studiare con Joseph Haydn, ma non era soddisfatto delle lezioni e con Albrechtsberger studiò armonia e contrappunto.

Le sue composizioni edite consistono di preludi, fughe e sonate per pianoforte e organo, quartetti d’archi, ecc.; ma la maggior parte delle sue opere, vocali e strumentali, esiste solo sotto forma di manoscritto. Esse si trovano nella biblioteca del Vienna Gesellschaft der Musikfreunde. Intorno al 1765, egli scrisse almeno sette concerti per scacciapensieri ed archi (tre dei quali sono tuttora in buone condizioni e si trovano all’Hungarian National Library a Budapest). Si tratta di lavori graziosi e ben scritti. Fra i suoi lavori più degni di nota vi è il Concerto per trombone contralto e orchestra in Si bemolle maggiore. Dal momento che il trombone non vanta molte composizioni ad esso dedicate durante il periodo classico, questo concerto è tenuto in gran considerazione dai trombonisti.

Forse il contributo più importante che abbia dato alla musica, però, è nei suoi lavori teorici. Nel 1790 egli pubblicò a Lipsia un trattato sulla composizione. Una collezione dei suoi scritti sull’armonia, in tre volumi, fu pubblicata a cura del suo alunno Ignaz von Seyfried (1776–1841) nel 1826. Il suo stile compositivo deriva dal contrappunto di Johann Joseph Fux.

Albrechtsberger morí a Vienna; la sua tomba è situata nel Cimitero di St. Marx.